在迄今为止最大的默克尔细胞癌的基因组研究中,研究人员发现了两个不同的分子亚群,一个紫外线驱动的亚型和一个病毒驱动的亚型,与肿瘤突变负荷分类相匹配.
在迄今为止最大的默克尔细胞癌(MCC)的基因组研究中,研究者发现了2个不同的分子亚群,一个紫外线(UV)驱动的亚型和一个病毒驱动的亚型,与肿瘤突变负担(TMB)分类相匹配。
另外,来自H.Lee Moffitt癌症中心和研究所的研究人员分析了免疫疗法治疗反应的潜在相关性。
“这些结果提供了MCC的全面基因组特征,展示了一种利用靶向测序检测MCPyV的新方法,将分子亚群放在其他人类癌症的背景下,并尽早证明免疫治疗的重要性,”研究人员在最近发表的倾斜癌症研究中写道,
在基因组研究中,2013年5月至2018年4月,基金会医学部对317例MCC患者的肿瘤进行了全基因组分析。对患者进行322个癌症相关基因的分析,并对TMB和突变特征进行评估。通过DNA测序也可检测到Merkel细胞多瘤病毒(MCPyV)的存在。
此外,在Moffitt癌症中心接受治疗的晚期或转移性MCC患者中,有57名患者在临床队列中进行了分析,其中38名患者接受了免疫检查点抑制剂。用双重免疫组织化学方法检测37例患者的PD-1和PD-L1的表达,其中27例对免疫治疗有评价反应,在全基因组队列中,
,诊断时的中位年龄为71岁(63-78岁),男女比例为大约4:1,这与以前的报告一致。
在临床队列中,患者多为非西班牙裔白种人(98%),诊断为IIIB或IV期MCC(78.9%)。几乎一半的免疫治疗患者(47%)接受彭布罗珠单抗(Keytruda)免疫检查点抑制治疗,26%接受阿维鲁单抗(Bavencio)治疗。79%的患者在免疫治疗前接受了放射治疗,16%的患者没有接受任何放射治疗。大多数患者在一线(32%)或二线(40%)接受免疫治疗;2例在第五线接受治疗。
基因组检测显示,在MCC样本中存在基于TMB的双峰分布;样本大多为TMB低(n=175,55%),定义为<6个突变/megabase,或TMB高(n=117,37%),定义为≥20个突变/megabase,只有25个样本(8%)具有中间TMB。这一趋势在临床队列中也得到了反映,56%的患者表现为TMB低,39%表现为TMB高。TMB高组中的
在p53、RB1或两个基因中都发现了短变异突变。TMB高组中最常见的改变基因是p53(97%)、RB1(80%)和NOTCH基因家族(50%)。而在TMB低组中,没有发现可能是致癌因素的基因组改变,最常见的改变基因是tp53(13%)、RB1(9%)和pten(7%)。
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拷贝数的改变很少,占TMB高组的24%,在2个基因(MYCLandMYC)中发现拷贝数增加,在5个基因(RB1、PTEN、TP53、LRP1B、CDKN2A和nf1)中发现缺失。
MCPyV基因组DNA通过下一代测序(NGS)在总样本中检测到36%,在临床队列中检测到37%,与TMB分类密切相关。在63%的TMB低值样本中观察到MCPyV DNA,但在TMB高值样本中没有(P≤.00001)。
另一方面,紫外线损伤突变信号与TMB高值相关