JCO Precision Oncology发表的一份新的单中心报告为使用循环肿瘤DNA指导高级浆液性卵巢癌的临床决策提供了概念证明.
Jaana Oikkonen，博士
Jaana Oikkonen，博士
一份新的单中心报告发表了inJCO精密肿瘤学家使用循环肿瘤DNA（ctDNA）指导高级浆液性卵巢癌临床决策的概念证明。
“迫切需要找到有效的治疗方法针对高级别浆液性卵巢癌，尤其是复发性化疗耐药疾病。芬兰赫尔辛基大学的Jaana Oikkonen博士领导的研究作者写道：“我们的方法允许选择针对治疗过程中持续存在的亚克隆的治疗方案。”。“这是对复发性实体癌管理的一个重大改进，因为肿瘤通常不是因为潜在的干预并发症的风险，或者仅仅是因为样本不足或不能代表疾病。”
研究者指出他们相信他们的研究是第一个全面的、开源的ctDNA工作流程，用于检测实体癌的临床可操作性改变。
他们在芬兰图尔库大学医院收集了来自12名高级别浆液性卵巢癌患者的78个纵向ctDNA样本和21个肿瘤组织样本。他们应用了一个由500多个基因组成的测序小组，接着是变异和拷贝数改变（CNA）调用、过滤，以及临床相关畸变的优先顺序。
“ctDNA分析的动机是对患者临床可操作的肿瘤畸变进行微创基因组调查，”他们写道。“为了建立这种联系，我们使用肿瘤组织样本作为患者突变负担的基本事实。共有185个基因的265个突变和113个基因的CNA异常通过了我们的调用和筛选标准。
患者要么接受初次去毛刺手术，然后接受5-6个周期的紫杉烷铂化疗，要么接受新辅助化疗。Oikkonen等人根据患者的无铂时间间隔（PFI）对患者进行分层。一半的患者是不良反应者，被定义为铂耐药（PFI<6个月；n=3）或部分铂敏感（PFI，6-12个月；n=3）。铂敏感性疾病（PFI>12个月；n=6）的患者被认为是良好的应答者。
他们从血浆样本中提取无细胞DNA（cfDNA），并使用Oseq实体癌小组对其进行1000×靶向Illumina Hi-Seq测序，该小组测试了500多个临床可操作基因。
研究人员使用Anduril计算生态系统的ctDNA数据分析管道来检测突变。他们追踪至少1份血浆或肿瘤组织样本中检测到的突变，变异等位基因频率（VAF）至少为1%，但在相应的种系血液对照中没有。他们通过识别患者之间共享但在癌症中未知的变异簇来过滤样本。他们用检测到的体细胞改变来确认ctDNA的存在和数量。
当他们发现潜在的临床可操作的改变时，结果通过免疫组织化学进行验证。原位杂交被用于检测病人肿瘤组织中存在的显著变化。
Oikkonen等人发现，从同一病人的血浆到肿瘤组织样本中检测到的突变的中位数一致性为79%。他们发现，对于肿瘤含量大于30%的血浆样本，与CNA的中位数一致性（74%）。检测到的CNA数目与cfDNA中ctDNA的比例高度相关（n=101；相关系数为0.88），在队列中的所有患者中都报告了
突变。此外，ctDNATP53VAF与CA-1之间也存在相关性
