DAVE简介:基因组数据共享的在线分析工具

来自NCI的路易斯·斯塔特博士的一篇NCI癌症现状博客文章,内容是关于发布一个在线的、开放获取的癌症研究资源,用于名为DAVE的基因组数据共享。学分:国家癌症研究所

今天,NCI基因组数据共享中心(GDC)推出了数据分析、可视化和探索工具,这是一个在线的、开放存取的癌症研究资源,我们称之为DAVE。

在它推出的一年里,GDC已经收集并协调了超过4.5千兆字节的大量癌症基因组学数据,这些数据在最近的抗癌进展中起到了基础作用,并有望继续提高我们的诊断、治疗能力,“KDSPE”“KDSPs”,但我们对GDC的愿景比创建数据仓库更为宏伟,我们为知识系统构建了一个基础,具有深入分析的能力,将将数据的范围和效用扩展到一个广泛的科学家群体。今天,在与DAVE一起将GDC转化为这一知识体系的过程中,我们也希望能够改变研究群体。

使GDC可用于许多

癌症基因组学的发展已经成为癌症研究中最令人兴奋的科技发展之一,促进了患者护理的重大进展,为未来的许多进展奠定了基础。

作为一个数据共享平台,GDC有助于将从多种患者和肿瘤类型收集的数据标准化。最终的结果是一个统一的基因组和临床数据目录,所有这些数据必须符合严格的质量标准,并使用最新的方法进行处理。随着NCI和研究团体向其提交新数据,

现在作为一个数据分析系统,GDC正在采取重大步骤,以吸引更广泛的研究团体,并鼓励进一步的合作和数据共享,这种准确和可靠的数据存储库将继续增长。NCI决定向公众提供如此大量的数据,其核心是理解NCI及其受赠人不具备挖掘数据中每一块隐藏宝石所需的所有技能、工具和知识。为了对一种极其复杂的疾病做出不同的发现,我们需要从实验室科学家到统计学家再到药物开发人员等不同学科的优秀科学人才共同合作。

DAVE通过提供下载、存储所需的信息技术基础设施,帮助GDC完成使研究数据广泛可及和可用的使命,并且直接向研究人员分析大数据,使得癌症研究社区的任何人都可以很容易地使用GDC中提供的数据。DAVE还使生物学和其他学科的不同领域的专家更容易将癌症基因组数据纳入他们的研究中。

DAVE:数据分析、可视化和探索放大

DAVE是一个新的web界面,用于实时、在线地探索和分析癌症基因组数据,而无需下载或处理数据。研究人员可以从项目组导航到个体患者,到感兴趣的特定基因和突变。戴夫还提供了专门的图表,帮助研究人员可视化癌症的基因组“特征”,并确定疾病的潜在驱动因素。用户还可以绘制患者的生存曲线,并识别由此产生的蛋白质突变的分子后果。

值得注意的是,DAVE在探索数据方面提供了前所未有的灵活性。研究人员可以通过选择具有特定改变基因或其他相关生物学和临床特征的患者来创建自定义队列进行分析。而且研究人员不再仅仅局限于在他们最初的项目队列中分析病人,这是一个强大的创新,因为最近的证据表明,肿瘤的分子特征对于癌症亚型的准确度和信息量远远高于起源组织或组织学。

这种定制水平允许研究人员将深入他们的专业领域来回答一系列的研究问题。

戴夫的未来

路易斯斯塔特博士,NCI Cen主任ter对于癌症基因组学

重要的是,NCI和GDC的工作人员将与社区一起开发更多的DAVE工具和特性,社区的响应将在资源的演变过程中发挥重要作用。

我们鼓励您对本次发布的最初版本中包含的研究工具的功能和有用性提出反馈,我们相信这将是一个有价值的资源。我们希望,研究社区中的许多人将使用GDC和DAVE工具来回答重要的研究问题,这些问题最终将有助于快速提高我们对癌症的理解,并最终造福于患者

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